Οι «πολύρρηνες» και «πολυβούται» κάτοικοι της «βαθυλείμου» Άνθειας, όπως αναφέρονται δύο φορές στην Ιλιάδα Ι, 151,293, ανήκαν στους ευκατάστατους Μεσσηνίους, που αναγκάστηκαν να εκπατριστούν μετά το τέλος του Α΄ Μεσσηνιακού πολέμου. Οι κατακτητές Λακεδαιμόνιοι εγκαταστάθηκαν στον τόπο κατά το τελευταίο τέταρτο του 8ου αι. π.Χ. και φαίνεται ότι από τότε το νέο όνομα «Θουρία», που σημαίνει συνοικισμός κορυφής, άρχισε να εκτοπίζει το μυκηναϊκό τοπωνύμιο.
Στην κλασική εποχή η Θουρία έγινε «περίοικος» πόλη, καθώς οι Μεσσήνιοι κάτοικοί της, που υπήρξαν έμπιστοι των Λακεδαιμονίων απολάμβαναν κάποιων προνομίων έναντι των άλλων Μεσσηνίων υποτελών. Στο σεισμό του 464 π.Χ. οι κάτοικοι της πόλης προσπάθησαν να αποδεσμευθούν από τους Σπαρτιάτες και αφού προσεταιρίστηκαν τους Μεσσηνίους είλωτες κατέφυγαν και οχυρώθηκαν στην Ιθώμη. Όμως ηττήθηκαν και αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν τη Μεσσηνία και να μεταφερθούν στη Ναύπακτο με τη βοήθεια των Αθηναίων.
Μετά την ίδρυση της Μεσσήνης, η Θουρία αποτέλεσε μέλος της ελεύθερης μεσσηνιακής πολιτείας. Μάλιστα σε ένα σημαντικό ψήφισμα γραμμένο σε οπισθόγραφη στήλη που βρέθηκε στην πόλη, γίνεται διευθέτηση των συνόρων της με τη Μεγαλόπολη, υπό τη διαιτησία της Πάτρας. (ΕΙΚ.18) Η στήλη, που χρονολογείται γύρω στο 180 π.Χ., εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Μεσσηνίας στην Καλαμάτα.
Στα 182 π.Χ. η Θουρία μαζί με τις Φαρές και την Αβία αποσπάσθηκαν από τη Μεσσήνη και προσαρτήθηκαν ως ανεξάρτητες πόλεις στην Αχαϊκή Συμπολιτεία. Μετά τη ναυμαχία του Ακτίου (31 π.Χ.), ο Αύγουστος υπήγαγε τη Θουρία και πάλι στην κατοχή των Λακεδαιμονίων της Σπάρτης, ως τιμωρία, επειδή οι Μεσσήνιοι είχαν πάρει το μέρος του αντιπάλου του Αντωνίου.
Κατά την εποχή του Τιβερίου (25 μ.Χ.), όταν έγινε επαναοριοθέτηση των συνόρων μεταξύ Μεσσηνίας και Λακωνίας, πιθανόν να αποδόθηκε και πάλι στους Μεσσήνιους μαζί με την περιοχή των Φαρών. Όμως νομίσματα της Θουρίας, που κόπηκαν επί των πρώτων Σεβήρων (193-217 μ.Χ.), φέρουν τα αρχικά γράμματα των Λακεδαιμονίων, εμφανίζοντας τους Θουρεάτες ως Λακεδαίμονες.
Όταν ο περιηγητής Παυσανίας επισκέφθηκε την περιοχή (2ος αι. μ.Χ.), ανέφερε ότι η πόλη από «ψηλά» είχε μεταφερθεί και εξαπλωθεί προς τα δυτικά, στις υπώρειες του λόφου. Τα επιβλητικά ερείπια των ρωμαϊκών θερμών στη θέση «Λουτρά», που σώζονται σε μεγάλο ύψος και σε άριστη κατάσταση διατήρησης στην περιοχή αυτή, επιβεβαιώνουν τις πληροφορίες του περιηγητή. (ΕΙΚ.19, 20, 21, 22)
Στην πόλη υπήρχαν πολλά ιερά , φαίνεται όμως ότι η Αθηνά ήταν ιδιαίτερα τιμώμενη θεότητα, αφού ο ιερέας της ήταν ο επώνυμος αξιωματούχος της πόλης. Είναι μάλιστα χαρακτηριστικό ότι σε νομίσματα των Θουρεατών της ρωμαϊκής αυτοκρατορικής εποχής απεικονίζεται η Αθηνά με κράνος, δόρυ στο αριστερό και φιάλη στο δεξί χέρι. (ΕΙΚ.23)
Πιθανόν ο τύπος αυτός να αντιστοιχεί στο λατρευτικό άγαλμα της θεάς, που υπήρχε στη Θουρία. Ένα ονομαστό ιερό της πόλης ήταν αφιερωμένο στη Συρία θεά, μια θεότητα ανατολικής προέλευσης που εισάχθηκε κατά τον 2ο αι. π.Χ. στην Ελλάδα (Δήλος) από την πόλη της βόρειας Συρίας Βαμβύκη ή Ιεράπολη. Η αρχική ονομασία της ήταν Ατάγαρτις και θεωρείτο ως μια μορφή της Αφροδίτης. Η λατρεία της γινόταν από θιάσους και στα ιερά της υπήρχαν δεξαμενές με ψάρια, που ήταν το σύμβολο της θεάς, η οποία αρχικά παριστανόταν ως ψάρι.
Στην πίσω όψη της οπισθόγραφης επιγραφής, στην οποία προαναφερθήκαμε, έχει χαραχθεί στην εποχή του Αυγούστου τιμητικό ψήφισμα για τον Λακεδαιμόνιο Δαμόχαρι, όπου αναφέρονται κάποια στοιχεία για το τελετουργικό της ξένης αυτής λατρείας κατά την οποία γινόταν μύηση με μυστηριακή τελετή για τη Συρία θεά σε ειδικό χώρο, «οίκος», και υπήρχε πομπή για τα μυστήρια.
Η ακρόπολη της κλασικής εποχής δεν εγκαταλείφθηκε πλήρως και συνέχισε να κατοικείται στους αυτοκρατορικούς χρόνους, στο μεσαίωνα και στην τουρκοκρατία.
